Danh sách Blog của Tôi

Bài viết được yêu thích

Thứ Sáu, ngày 12 tháng 8 năm 2016

Video: Tế bào ung thư lan khắp cơ thể

0 nhận xét
Tế bào ung thư xuất hiện phụ thuộc vào một cơ chế sống sót kỳ lạ để lây lan khắp cơ thể, đây là kết quả của một nghiên cứu mới được công bố.
Sự lây lan của ung thư khắp cơ thể là một trong những thách thức lớn nhất trong điều trị.
Nghiên cứu đã kiểm tra những thay đổi xảy ra trong các tế bào ung thư khi chúng thoát khỏi khối u trong tế bào nuôi cấy cá ngựa vằn và chuột. Điều này cho thấy các phân tử có tên "integrins" có thể là mấu chốt của vấn đề.
Sự lây lan của ung thư khắp cơ thể là một trong những thách thức lớn nhất trong điều trị. Nó thường không phải là khối u ban đầu mà bị tiêu diệt mà nó sẽ tăng trưởng tiếp tục sau đó. Điều này xảy ra khi các tế bào ung thư có thể thoát khỏi vị trí ban đầu và di chuyển sang các bộ phận khác trên cơ thể và gieo những khối u mới.
Integrins là các protein trên bề mặt của một tế bào. Chúng gắn vào tế bào và tương tác với môi trường xung quanh các tế bào. Khi các tế bào ung thư lan rộng và bước sang quá trình di căn - các integrins chuyển từ vai trò "bám dính" sang một hình thức mới có tên "inside-in", thẩm thấu vào bên trong tế bào.
Theo xahoithongtin

Thứ Ba, ngày 09 tháng 8 năm 2016

Hướng dẫn sử dụng một phần mềm thiết kế mồi Primer-Blas

0 nhận xét
Trong bài này sẽ hướng dẫn chi tiết cách sử dụng một phần mềm thiết kế mồi phổ biến và miễn phí là Primer-Blast để thiết kế cặp mồi mong muốn. Hơn nữa, bài viết còn giới thiệu và đưa ra sự so sánh giữa một số phần mềm thiết kế mồi khác nhau.

      1. Hướng dẫn sử dụng phần mềm thiết kế mồi Primer – Blast
Primer-BLAST là một công cụ được phát triển bởi NCBI giúp người dùng thiết kế mồi đặc hiệu cho một phản ứng PCR cụ thể. Primer-BLAST sử dụng mã nguồn mở Primer3 để thiết kế mồi, sau đó dùng công cụ  BLAST và thuật toán định tuyến tổng quát (global alignment) để kiểm tra trong cơ sở dữ liệu của NCBI nhằm tránh các sai sót kết cặp, tương đồng chéo là nguyên nhân dẫn đến phản ứng PCR không hiệu quả.
Quá trình thiết kế đoạn mồi sử dụng Primer-BLAST thường diễn ra theo 2 bước:
  • Thu thập khuôn mẫu
  • Thiết kế đoạn mồi
      1.1. Thu thập khuôn mẫu
Một ưu điểm khá lớn khi sử dụng Primer-BLAST là người dùng có thể tận dụng tối đa nguồn cơ sở dữ liệu từ NCBI.
Ví dụ sau đây chúng tôi sẽ hướng dẫn thiết kế mồi cho đoạn gen YP_009173871.1 quy định cấu trúc vỏ nhỏ protein của virus viêm gan siêu vi B.
Bước 1: Truy cập cơ sở dữ liệu của NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) chọn “Nucleotide database” và tìm kiếm sử dụng từ khóa “Hepatitis B virus genome”.
Bước 2: Kết quả trả về là hàng loạt các dữ liệu bộ gen khác nhau của virus viêm gan siêu vi B. Chúng ta sẽ chọn kết quả đầu tiên. Ở phần kết quả số 1 này, sẽ có 3 định dạng là: GenBank, FASTA và Graphics. Để thu chuỗi khuôn mẫu chúng ta có thể chọn FASTA hoặc Graphics nhưng chúng tôi có lời khuyên nên sử dụng Graphics của NCBI thì sẽ hiệu quả hơn rất nhiều. Vì vậy ở mục này chúng ta sẽ chọn Graphics để đánh giá trực quan toàn bộ bộ gen của virus (xem hình 1).
1
Bước 3: Bộ gen của virus được biểu diễn dưới dạng hình ảnh trực quan (Hình 2). Toàn bộ các gen đều được chú thích và khi click vào từng gen sẽ hiện ra thông tin chi tiết về gen đó.

Trong ví dụ này, chúng ta sẽ chọn gen YP_009173871.1 quy định cấu trúc vỏ nhỏ protein.

1
Bước 4: Bảng nhỏ hiện lên sau khi chúng ta chọn gen có chứa dòng “FASTA View” . Click vào vào mục 1 bắt đầu bằng ký hiệu NC_ sẽ hiện ra chuỗi của gene này dưới dạng file FASTA (hình). Vậy bước đầu thu thập khuôn mẫu đã hoàn thành trên cơ sở dữ liệu NCBI
Lưu ý: Như ở phần Graphics trên còn cung cấp cho chúng ta những đoạn gen theo chiều ngược lại (Gen mang màu đen). Vì vậy trước khi thực hiện thiết kế mồi, chúng ta cần phải đảo ngược đoạn khuôn mẫu này lại cho đúng chiều 5’-3’.

1.2. Thiết kế đoạn mồi
Bước 1: Truy cập trang chủ của phần mềm Primer-BLAST tại địa chỉ: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/. Giao diện chính của Primer-BLAST như hình.
(1)  Khung nhập dữ liệu chuỗi khuôn mẫu: Nhập chuỗi dưới dạng file FASTA
(2)  Thông số về nhiệt độ nóng chảy (Tm )của đoạn mồi : điều chỉnh giống với thông số của nguyên tắc thiết kế mồi ở phần 1 của loạt bài viết về thiết kế mồi cho phản ứng PCR
Ngoài ra còn rất nhiều các thông số nâng cao khác nhưng ở bài này chúng ta sẽ chỉ đi về mặt cơ bản. Vì thế hầu hết các thông số sẽ ở dạng mặc định.


Bước 2: Đánh giấu bỏ dòng “Enable search for primer pairs specific to the intended PCR template” để bỏ qua việc tìm kiếm cặp mồi có sẵn trong cơ sở dữ liệu của NCBI. Sau đó chúng ta thu về thiết kế primer bằng cách ấn vào ô “Get Primers”.

Cuối cùng, kết quả đoạn mồi thu được sẽ ở 2 dạng: hình ảnh trực quan và thông tin chi tiết về kết quả.


2. Đánh giá các phần mềm phổ biến hiện nay
  • Phần mềm FastPCR là công cụ tích hợp hàng loạt các tính năng toàn diện và chuyên nghiệp dùng để thiết kế mọi loại mồi cho PCR. Mặc dù vậy, điểm yếu của phần mềm này là sự quá phức tạp khi sử dụng.
  • Primer-BLAST là một phần mềm online được cung cấp bởi The National Center for Biotechnology Information (NCBI). Phần mềm này được tạo nên nhờ sự kết hợp giữa Primer3 và BLAST. Nổi trội nhờ khả năng sử dụng cơ sở dữ liệu lớn của NCBI bằng BLAST nhưng là một công cụ online, Primer-BLAST không tránh khỏi những hạn chế.
  • Primer3 là một phần mềm mã nguồn mở cực kỳ nổi tiếng và BatchPrimer3 là bản phát triển sau này. Đặc điểm nổi bật của BatchPrimer là việc chạy trên nền web online và khả năng chạy thông lượng lớn đầu vào giúp BatchPrimer3 là một trong những công cụ phổ biến trong thiết kế mồi cho PCR nhằm thay thế cho người anh Primer3.
Đặc điểmjPCR Tool &FastPCRNCBI/Primer-BLAST (Primer3)BatchPrimer3 (Primer3)IDT SciTools: PrimerQuest, OligoAnalyzer 3.1PerlPrimer
Độ dài Primer (nt)12-50015-30Chưa rõ16-3512-30
Giới hạn độ dài khuôn mẫu (nt)Không giới hạn50,000Chưa rõKhông giới hạnKhông giới hạn
Tốc độ tính toánrất nhanhchậmchậmchậmchậm
Cho phép chạy thông lượng lớn với hàng loạt khuôn mẫu và hàng loạt mục tiêu trên khuôn cùng lúckhôngkhôngkhông
Tùy chọn PCR cho khuôn mẫu
Degenerated nucleotides at all operation (Tm calculation, searches and probe, primer design etc.)khôngkhông
Cho phép sửa đổi LNA (Nucleotide đã khóa) hoặc các nucleotide kháckhôngkhôngkhông
Tính toán nhằm tối ưu hóa nhiệt độ anneal sử dụngkhôngkhôngkhôngkhông
Kiểm tra đầu 3’ kết thúc của mồi giao và tự tạo dimerLỗi
Kiểm tra mồi nội giao và tự tạo dimerLỗikhôngLỗi
Tìm kiếm khuôn mẫu sử dụng BLASTkhôngkhôngkhông
Kiếm tra khuôn mẫukhôngkhôngkhông
Kiểm tra khuôn mẫu dựa trên thư viện sẵn cókhôngkhông
Bảng 1:So sánh các công cụ thiết kế Primer và phân tích oligonucleotide phổ biến hiện nay
Ghi chú: Bảng so sánh trên mang tính chất tương đối vì do công ty cung cấp phần mềm jPCR Tool &FastPCR thống kê, vì thế khả năng các đặc điểm mang tính chất có lợi hơn so với các công cụ khác. Mặc dù vậy, đây là tài liệu đáng để tham khảo.
Tổng hợp: Phạm Trường Duy
Biên Tập: Vũ Đình Chất
Tham khảo:
  1. PrimerDigital.
HỌC LIỆU ĐIỆN TỬ
LIÊN KẾT
TAG CLOUD
A http://sinhhoc.blogspot.com/ (13) Ảnh độc đáo (4) Bài báo khoa học (10) Bài báo quốc tế (6) Bài giảng-Giáo trình (70) Bản tin CNSH (5) Biology books (1) Blog sinh học (3) Các cây hoa màu khác (3) Các nhà khoa học (3) Campbell (1) Câu chuyện khoa học (1) Cây lúa (11) Cây ngô (26) Chân dung nhà khoa học (4) Công nghệ lên men (1) Công nghệ mới (6) Công nghệ sinh học (62) Công nghệ thực phẩm (5) Công trình khoa học (14) Di truyền phân tử (3) DNA tái tổ hợp (1) Dự án (1) Đăng báo quốc tế (2) Đề tài (2) Đọc và suy ngẫm (3) Động vật học (28) Ebook Công nghệ sinh học (22) Ebook công nghệ thực phẩm (1) Ebook sinh học (81) Ebook thực vật (9) Ebook Y - Dược (3) English learn (1) Giáo dục và Khoa học (11) Góc nhìn cuộc sống (7) Góc tâm hồn (7) Hiện tượng sinh học (16) Hóa sinh (3) Khoa học và ứng dụng (3) kinh nghiệm đăng báo quốc tế (1) kỹ thuật SSR (1) Luận văn - Luận án (6) Luyện thi B1 B2 (3) Nghành CNSH làm gì (1) Nghiên cứu khoa học (1) Nông nghiệp (2) Olympic Sinh học (1) PCR và các kỹ thuật liên quan (2) Phần mềm dạy học (2) Phần mềm sinh học (16) Sách công nghệ thực phẩm (1) Sách sinh học (11) Sách sinh y (1) Sách Y khoa (1) Sinh học 12 (1) Sinh học phân tử (2) Sinh học phổ thông (3) Sinh học ứng dụng (3) Sinh vật học (8) SSR (1) Tế bào gốc (2) Thế giới tri thức (1) Thông báo (1) thông tin nông nghiệp (1) Thực vật học (37) Tin sinh và Thống kê (9) Tu dien sinh hoc (1) Tuyển dụng (6) Từ điển sinh học (2) Vi khuẩn (1) Vi sinh vật (26) Video clip (2) Video sinh học (4) Vui cười - Hài hước (12) Y học - Cuộc sống (125) Ý tưởng khoa học (10)