Giáo Trình Công nghệ sinh học môi trường
link download : Giáo Trình Công nghệ sinh học môi trường
7 năm trước
Thứ Tư, 11 tháng 7, 2012
Giáo Trình Công nghệ sinh học môi trường
Chủ Nhật, 8 tháng 7, 2012
Ngăn chặn sự dối trá trong khoa học
Sự dối trá, giả tạo đã len lỏi trong khoa học bằng các công trình sao chép… Với những tồn tại này, khoa học không thể mong lĩnh vực khoa học-công nghệ có những công trình sáng giá.
Đây là những ý kiến tâm huyết của không ít nhà khoa học đầu ngành tại buổi đóng góp ý kiến cho Luật Khoa học và công nghệ (KH-CN) sửa đổi do Liên hiệp các hội khoa học và kỹ thuật Việt Nam (VUSTA) tổ chức vào hôm 5.7 tại Hà Nội. Dự kiến Luật sẽ trình Quốc hội vào năm 2013.
Trình bày về sự cần thiết phải sửa đổi luật, ông Đỗ Hoàng Giang, Vụ Phápchế, Bộ Khoa học và Công nghệ (KH-CN) cho rằng, Luật KH-CN đã đượcban hành cách đây 12 năm và đến nay, đã bộc lộ một số bất cập về nội dung cũng như hình thức văn bản. Có nhiều quy định không còn phù hợp với thực tiễn và hệ thống pháp luật hiện hành; nhiều điều khoản còn chung chung, hiệu lực thi hành thấp… Dự thảo Luật sửa đổi gồm có 80 điều, chia thành 8 chương (bỏ 14/59 điều, sửa đổi 39/59 điều của luật hiện hành, bổ sung 35 điều mới).
Luật sửa đổi đã thể hiện rõ ước vọng tháo gỡ những vướng mắc, tắc nghẽn trong cơ chế tài chính, quản lý khoa học… Tuy nhiên, có rất nhiều điểm cácnhà khoa học mong muốn được thể hiện rõ và chặt chẽ hơn.
Nếu không có động lực, sẽ khó để khoa học phát triển
Giáo sư-Viện sĩ (GS.VS) Trần Đình Long, Chủ tịch Hội giống cây trồng Việt Nam nêu, vấn đề tài chính và tín dụng cho KH-CN (điều 54-59) hiện nay vẫn là khúc mắc nhất, nhưng trong dự thảo còn khá chung chung. Khoản 5 của điều 54 ghi rõ các nhiệm vụ KH-CN sử dụng ngân sách nhà nước được thực hiện theo cơ chế khoán chi và được cấp kinh phí chủ yếu thông qua các quỹ trong lĩnh vực KHCN. Thế nhưng khoán như thế nào mới là điều cần bàn thìlại chưa được thể hiện. “Cần phải có quy định cụ thể các đề tài dự án phải được kiểm toán độc lập, công khai, minh bạch để không làm khó cho các chủ nhiệm”.
| Báo Đất Việt phối hợp với Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển truyền thông khoa học-Công nghệ, Bộ KH&CN tổ chức buổi Giao lưu trực tuyến với chủ đề “Đổi mới quản lý KH&CN, phương thức đầu tư, cơ chế tài chính và phát triển nguồn nhân lực KH&CN” vào hồi 9 - 11h ngày 10/7/2012 tại Trụ sở Báo Đất Việt (108 Trường Chinh, Đống Đa, Hà Nội). |
Một thực tế cũng được VS Long nêu, yêu cầu xuất hóa đơn tài chính, khi nhà khoa học nghiên cứu về giống, thấy giống của người nông dân tốt, muốn mua, song làm sao nôngdân có hóa đơn đỏ để xuất. Khi đó, chủ nhiệm đề tài lại lo đi “chạy” hóa đơn. Đây là một cáchlàm gian dối nhưng vẫn buộc phải thực hiện và đôi khi mất tới 75% quỹ thời gian thực hiện đề tài.
TS Nguyễn Ngọc Kính, Hội Giống cây trồng Việt Nam cũng nêu hàng loạt bức xúc. Ôngcho rằng Luật KH-CN sửa đổi phải làm chặt chẽ hơn nữa để trả lại sự nghiêm túc cho khoa học. Thực tế hiện nay có quá nhiều chươngtrình, đề tài, dự án chồng chéo nhưng rồi vẫn nghiệm thu và cho qua. TS Kính nêu ví dụ, Bộ KH-CN có rất nhiều chươngtrình KH-CN trọng điểm cấp nhà nước (mang mã số KC) như KC04 - Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học, Bộ Nông nghiệp vàphát triển nông thôn lại có Chương trình phát triển sinh học trong nông nghiệp kinh phí lên tới hàng trăm tỉ. Với các Chương trình KC, Bộ KH-CN có thể thành lập hội đồng liên ngành để nghiệm thu, nhưng với những chương trình lớn hàng trăm tỉ của các bộ khác ai sẽ là người đứng ra thẩm định (?!).
GS.TSKH Nguyễn Đức Ngữ, Trung tâm KH-CN Khí tượng Thủy văn và Môi trường cũng nêu một sự “lộn xộn” đang tồn tại. Bản thân GS Ngữ từng chứng kiến một vị không biết gì về khí hậu nhưng lại chủ nhiệm 2 đề tài. Đến mức, ngay cả việc tính tổng lượng mưa cũng không biết tính thế nào. Thế nhưng, họ lại được quyền đứng tên 2 đề tài vì là lãnh đạo Viện và điều đó đang được Luật KH-CN cho phép. “Điều này cần phải được điều chỉnh trong Luật sửa đổi để những việc “chướng tai gai mắt” không còn tồn tại nữa”, GS Ngữ nói.
Phải tạo được động lực
Hành lang pháp lý không rõ ràng sẽ tạo những kẽ hở dễ “lách”, để rồi những người làm thật ngày càng nản. GS Ngữ như nói từ tâm can mình, rằng nếu không sửa đổi, khoa học thực sự sẽ còn đi xuống nữa. “Nếu chỉ nói vài câu chung chung KH-CN là động lực, quốc sách hàng đầu mà không có động lực và giải pháp thực sự thì kể cả đầu tư tài chính nhiều hơn nữa thì vẫn sẽ là yếukém và thiếu hiệu quả”, GS Ngữ bức xúc.
GS.TS Nguyễn Minh Thuyết, nguyên Đại biểu Quốc hội cũng nêu, đầu tư cho KH-CN chưa tương xứng với vị trí quốc sách hàng đầu. Ngân sách nhà nước chỉ dành cho KH-CN được 2% nhưng không không phải tỉnh nào cũng chi đủ. Trong khi đó, đầu tư từ các nguồn lực xã hội cho KH-CN gần như khôngđáng kể. Các doanh nghiệp thì tìm cách mua công nghệ thiết bị lạc hậu đã qua sử dụng ở nước ngoài để kiếm lời nhờ chênh lệch giá… Những vướng mắc đã phần nào thể hiện được trong dự thảo luật nhưng nhìn chung vẫn chưa nêuđược những giải pháp cụ thể.
GS-VS Long cho rằng, Luật sửa đổi cần phải quy rõ trách nhiệm để từ cơ quan quản lý đến chủ nhiệm đề tài có trách nhiệm hơn với kết quả nghiên cứu,tránh tình trạng rút tiền xong, kết quả bỏ ngăn kéo.
Bích Ngọc
Thứ Ba, 3 tháng 7, 2012
Hướng dẫn sử dụng Primer3 để thiết kế mồi cho phản ứng PCR
Primer3 là chương trình được sử dụng phổ biến để thiết kế mồi (primer) cho phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction). Đây là chương trình mã nguồn mở, do Steve Rozen and Helen Skaletsky phát triển tại Whitehead Institute và Howard Hughes Medical Institute, USA. (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)
Primer3 cũng có thể dùng để thiết kế các mẫu dò (probe) và các primer cho giải trình tự.
Vì PCR được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau nên Primer3 có nhiều các thông số mà bạn có thể điều chỉnh để tạo ra những primer tốt nhất cho mục đích của bạn.
Đây là giao diện của chương trình Primer3:
Ở đây tôi chỉ hướng dẫn các bạn sử dụng chương trình này một cách đơn giản nhất thông qua ví dụ sau:
VD: Một loài thực vật hoặc vi sinh vật nào đó đã được chuyển gene biểu hiện protein huỳnh quang eGFP (enhanced green fluorescent protein). Bây giờ sinh vật này đã có thể phát sáng, nhiệm vụ của bạn là thiết kế primer đặc hiệu cho gene eGFP để kiểm tra xem gene này đã được gắn vào genome của sinh vật hay chưa.
Để thiết kế mồi, bạn cho trình tự của gene eGFP (720 bp) vào khung chính của Primer3:
ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAA
ACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTT
CATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAG
TGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACG
TCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGG
CGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCAC
AAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGG
TGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACAC
CCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAA
GACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCA
TGGACGAGCTGTACAAGTAA
Bạn hãy nhấp chuột vào Pick Primers để tìm ra cặp primer tốt nhất (mồi bên trái và mồi bên phải) mà chương trình đề nghị.
Kết quả là bạn sẽ nhận được 1 cặp mồi chính (ở đầu cửa sổ)
và 4 cặp mồi bổ sung (ở cuối cửa sổ)
Tuy nhiên các cặp mồi chính và phụ chỉ cho sản phẩm PCR với kích thước <220 bp và chỉ phù hợp cho Real-Time PCR. Đối với PCR thông thường, sản phẩm nên >250 bp để dễ dàng quan sát được trên bản Gel sau khi điện di.
Để nhận được cặp mồi hoàn hảo cho sản phẩm > 250 bp (thường là 500-1000 bp), bạn có thể sử dụng mẹo như sau:
Bạn kết hợp mồi trái của cặp mồi chính với mồi phải của một trong các cặp mồi phụ (2 hoặc 3 hoặc 4): copy mồi trái của cặp chính và mồi phải của cặp phụ, dán vào khung dành cho mồi trái và mồi phải, kiểm tra với Pick Primers.
Mồi trái (chính) + Mồi phải (phụ 2)
Kết quả: 2 mồi này không thể kết hợp với nhau (No Acceptable Primers Were Found)
Mồi trái (chính) + Mồi phải (phụ 3)
Kết quả: 2 mồi này kết hợp tốt với nhau (sản phẩm PCR là 552 bp)
Mồi trái (chính) + Mồi phải (phụ 4)
Kết quả: 2 mồi này cũng kết hợp tốt với nhau (sản phẩm PCR là 551 bp)
Như vậy bạn có thể sử dụng 1 trong 2 cặp mồi sau để thực hiện phản ứng PCR đặc hiệu cho gene eGFP:
Cặp 1:
Mồi xuôi (Forward primer):
eGFP-FW: ACGTAAACGGCCACAAGTTC
Mồi ngược (Reverse primer):
eGFP-RV: ACTGGGTGCTCAGGTAGTGG
Cặp 2:
Mồi xuôi (Forward primer):
eGFP-FW: ACGTAAACGGCCACAAGTTC
Mồi ngược (Reverse primer):
eGFP-RV: CTGGGTGCTCAGGTAGTGGT
Coi chừng nhiễm kí sinh trùng chết người từ mèo
Phụ nữ bị nhiễm một loại ký sinh trùng trên mèo dễ có xu hướng tự tử hơn những người khác. Tuy nhiên, các nhà khoa học chưa giải thích được tại sao. Ký sinh trùng Toxoplasma gondii không chỉ cư trú trên mèo mà còn có thể sống trên bất kỳ động vật máu nóng nào. Con người có thể bị nhiễm ký sinh trùng T. gondii khi tiếp xúc với phân mèo, hoặc ăn thịt nấu chưa kỹ, rau chưa rửa. Khi đi vào cơ thể người, T. gondii vẫn có thể tồn tại trong não và tế bào cơ. Chúng được các túi nang bảo vệ nên không bị hệ miễn dịch của cơ thể tấn công.  Ký sinh trùng T.gondii sinh sôi trong ruột mèo. (Nguồn: Livescience) Nghiên cứu mới cho rằng T.gondii liên quan tới hành vi tự tử cũng có hạn chế tương tự. Các nhà nghiên cứu không thể khẳng định chắc chắn rằng ký sinh trùng trực tiếp khiến người bị nhiễm tự tử hay không. Họ chỉ tìm ra rằng những những phụ nữ bị nhiễm có xu hướng tự tử cao hơn 1,5 lần so với người không bị nhiễm. “Chúng tôi không thể nói chắc chắn rằng T. gondii khiến phụ nữ tự vẫn, nhưng chúng tôi tìm ra mối liên hệ giữa hai yếu tố này", Teodor Postolache, chuyên gia tâm thần học ở Trường Y thuộc ĐH Maryland và cũng là trưởng nhóm nghiên cứu, cho biết. “Chúng tôi dự định tiếp tục nghiên cứu để làm rõ hơn mối quan hệ này”. Có đến 1/3 dân số thế giới bị nhiễm T. gondii, nhưng không biểu hiện triệu chứng gì. Các chuyên gia khuyên phụ nữ mang thai không nên dọn dẹp phân mèo vì có thể vô tình khiến bào thai bị nhiễm ký sinh trùng trực tiếp. Khi sống trên động vật chủ, T.gondii chơi trò mèo và chuột. Chuột bị nhiễm ký sinh trùng mất cảm giác sợ mùi nước tiểu của mèo. T. gondii còn thay đổi não chuột đến mức mùi nước tiểu của mèo trở nên hấp dẫn với chuột, khiến chuột còn lại gần kẻ thù hơn. Đó là lý do T. gondii liên tục sinh sôi trong ruột mèo. Tham khảo: Livescience |
| Theo Đất Việt, Livescience |
Thứ Hai, 2 tháng 7, 2012
Phần mềm NoePrimer 2,03
NoePrimer được thiết kế đặc biệt để đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng về việc tìm kiếm mồi trong rất nhiều ứng dụng phân tử.
Ngoài việc hỗ trợ các ứng dụng thông thường cho lai tạo, PCR và giải trình tự, NoePrimer cung cấp khả năng tiên tiến cho phản ứng multiplex PCR và tìm kiếm mồi thông lượng cao và phân tích.
Link download:
Phần mềm và hướng dẫn sử dụng Vector NTI
Phần mềm Vector NTI AdvanceTM 9.0 được công bố vào tháng 9/2003 - đây là phần mềm của hãng Invirogen. Phần mềm này có thể:
- Phân tích trình tự đã lựa chọn và thiết kế mồi PCR cho trình tự đó, dựa trên các thông số như nhiệt độ nóng chảy, %GC và chiều dài đoạn khuếch đại;
- Phân tích phân tử ADN/ARN và xác định khung đọc mở (ORFs);
- Phân tích phân tử ADN/ARN và xác định các vị trí giới hạn trên phân tử đó;
- Sắp xếp thành hàng các trình tự của hai hoặc nhiều phân tử ADN/ARN;
- Sử dụng để lắp ghép các đoạn ADN (cả các trình tự nguyên bản và sắc phổ) thành trình tự tiếp giáp dài hơn.
Links download phần mềm và hướng dẫn
Crack
http://www.mediafire.com/?ersc1y15443cfv1
Blog Sinh học là nơi chia sẻ sách báo, luận văn bài giảng và cập nhật thông tin về khoa học, y tế, động thực vật, di truyền, và nhiều hơn nữa...
Phần mềm GeneDoc v2.7.0
A Full Featured Multiple Sequence Alignment Editor, Analyser and Shading Utility for Windows.
* Data Analysis and Visualization.
* Score assisted manual alignment.
* Paginated Printouts.
* Windows Based.
* Highly Configurable.
* Exported Figures.
* Phylogenetic Tree support.
* Data Analysis and Visualization.
* Score assisted manual alignment.
* Paginated Printouts.
* Windows Based.
* Highly Configurable.
* Exported Figures.
* Phylogenetic Tree support.
Size: 1324KB
Language: English
Directory:Sequence Analysis & Alignmen
Requirements: Windows
Date added: 2007-3-21
Web Site: Home Page
Phần mềm MACAW v2.05
Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench (MACAW) is a program for locating, analyzing, and editing blocks of localized sequence similarity among multiple sequences and linking them into a multiple alignment. It includes sequence alignment search, editing and display. It is a very nice program according to many, allowing one to look for blocks of homology in sequences.
Size: 300KB
Language: English
Directory:Sequence Analysis & Alignmen
Requirements: Windows
Date added: 2006-8-9
Web Site: Home Page
Link download phần mềm MACAW v2.05
Geneious v.5.5.6
Geneious - một công cụ phần mềm tiện ích, một thư viện động, tự động cập nhật dữ liệu gene và di truyền, được dùng trong ngành khoa học nghiên cứu gene di truyền...
Size: 34,908K
Language: English
Directory:Sequence Analysis & Alignmen
Requirements: Java
Date added: 2011-11-29
Web Site: Home Page
Link download phần mềm Geneious v.5.5.6
Phần mềm BioEdit
BioEdit is a biological sequence alignment editor written for Windows 95/98/NT/2000/XP/Vista/7. An intuitive multiple document interface with convenient features makes alignment and manipulation of sequences relatively easy on your desktop computer. Several sequence manipulation and analysis options and links to external anaylsis programs facilitate a working environment which allows you to view and manipulate sequences with simple point-and-click operations.
Size: 12,904K
Language: English
Directory:Sequence Analysis & Alignmen
Requirements: Windows
Date added: 2011-11-29
Web Site: Home Page
Download BioEdit: http://www.mediafire.com/?57o7r8k62rehr26
